Aproximadamente en 1980 tiene su primera aparición dentro de la estructura orgánica del entonces Instituto Nacional de Enfermedades Pulmonares, la denominada Unidad de Planeación, Organización y Evaluación, paulatinamente va sufriendo cambios de adscripción y en octubre de 1994 queda constituida el Área de Informática dependiendo del Departamento de Planeación apoyando en materia de recursos informáticos a todas las áreas del Instituto.

Actualmente el Departamento de Informática depende de la Dirección de Planeación Estratégica y Desarrollo Organizacional.