La Dirección médica tiene entre sus objetivos primordiales:
Apoyar los programas de investigación, enseñanza y atención médica que se realizan en el Instituto.
Establecer los objetivos y metas relacionados con la atención médica.
Coordinar, supervisar y evaluar las actividades conferidas a las subdirecciones dependientes de esta Dirección Médica.
Promover la asistencia médica en los pacientes que presentan alguna patología respiratoria que así lo requieran; de manera eficiente, con calidad y seguridad.
Apoyar la comunicación e intercambio de actividades médico-asistenciales en colaboración con las diferentes áreas médicas de otros institutos y/o hospitales.
Coadyuvar en la subsistencia de la certificación hospitalaria y acreditaciones requeridas por las instancias sanitarias.