Desde su fundación, la línea de investigación ha sido el estudio de la tuberculosis pulmonar. Inicialmente se buscaron métodos rápidos de diagnóstico que posteriormente se ampliaron a la comprensión de la enfermedad, evaluando la respuesta inmune de los pacientes para identificar factores de susceptibilidad. Actualmente se han expandido las líneas de investigación en la búsqueda de nuevos fármacos de origen vegetal contra la tuberculosis, el uso de fármacos coadyuvantes que modulen la respuesta inmune para el control de la tuberculosis, y la búsqueda de biomarcadores para el diagnóstico de tuberculosis activa y de la forma latente. En los últimos años, con base en los problemas de salud y la transición epidemiológica que se ha dado en México, se investiga la tuberculosis resistente a fármacos y la asociación de tuberculosis y diabetes mellitus tipo 2.