El Departamento de Investigación en Microbiología fue fundado en el año 1985 por el Dr. Eduardo Sada Díaz, la línea de investigación desde su fundación ha sido el estudio de la tuberculosis pulmonar.

Inicialmente se buscaron métodos rápidos de diagnóstico que posteriormente se ampliaron a la comprensión de la enfermedad, evaluando la respuesta inmune de los pacientes para identificar factores de susceptibilidad.

Actualmente se han expandido las líneas de investigación hacia la búsqueda de nuevos fármacos de origen vegetal contra la tuberculosis, el uso de fármacos coadyuvantes que modulen la respuesta inmune para el control de la tuberculosis, y la búsqueda de biomarcadores para el diagnóstico de tuberculosis activa y de la forma latente.

Por último, con base a los problemas de salud y la transición epidemiológica que se ha dado en México, se investiga la tuberculosis resistente a fármacos y la asociación de tuberculosis y diabetes mellitus tipo 2.